百善镇再生水厂由昌平区水务局投资建设，中节能燕龙（北京）水务有限公司委托运营。百善再生水厂建成于2013年10月30日，2016年8月1日进入商业运营。主要处理百善镇的生活污水，服务范围总面积约7.64km2，服务人口约为4.1万人。日处理能力近期为2万m3/d，工程总投资为16514万元，水价为1.715元/m3。处理工艺为A2O+MBR膜与臭氧消毒相结合的方式，出水水质为《城市污水再生水利用景观环境用水水质》（GB/T18921-2002）（其中COD达到《城镇污水处理厂污染物排放标准》（GB/T18918-2002）一级A标准）。出水排入孟祖河，出水作为流域内河道的补充用水、绿化用水、市政杂用水以及冲厕用水。